¿Qué sistema operativo debería instalar en mi servidor dedicado?

Esta es una pregunta muy frecuente que se plantean la mayoría de usuarios de servidores dedicados que están iniciándose hoy en día. A no ser que estés corriendo un servidor Apple, tienes básicamente dos opciones: Linux y Windows. ¿Pero cuál es mejor?

Linux tiene muchas ventajas frente al sistema operativo de Microsoft: es gratuito, es flexible, software libre, puedes modificarlo como desees, es más rápido y más seguro. Por todas estas razones es el sistema predilecto hoy en día en todo el mundo. Otras variantes comunes incluyen CentOS y Debian (Linux).
Ambas son gratuitas y ofrecen abundante documentación. Ten en cuenta que Linux necesita correr cPanel, pero no creo que esto sea un problema, ya que se trata del mejor panel de control de servidores al que el público general tiene acceso y además es gratis.

Sólo deberías correr Windows si las aplicaciones que va a usar lo necesitan estrictamente. Las licencias para este tipo de sistemas son bastante caras y Windows no ofrece el rendimiento real o la seguridad que encontrarás con Linux.